行政院環境保護署已於102年7月15日公布「目的事業主管機關檢測底泥品質備查作業辦法」，並規定於103年1月1日開始施行，後續各地面水體之目的事業主管機關，應定期檢測底泥品質狀況，檢測結果應送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況。底泥品質管理於103年度開始邁入一新的里程碑。
依據「土壤及地下水污染整治法」第6條第5項規定，河川、灌溉渠道、湖泊、水庫及其他經中央主管機關公告之特定地面水體之各目的事業主管機關，應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估後，送中央主管機關備查，並公布底泥品質狀況。「目的事業主管機關檢測底泥品質備查作業辦法」即依據上述規定明訂底泥調查及申報方式，包含至少每5年應定期檢測所轄水體之底泥品質一次，並於每年3月31日前完成前一年度之檢測資料申報等相關規定，使整體底泥調查作業有明確之依據。
台東縣環境保護局為因應底泥品質管理工作，已於101年度間安排舉辦完成教育訓練課程，邀請環保署長官及實務經驗之專家學者進行演講，並邀請底泥目的事業主管機關人員參與教育訓練會議，能使承辦人員快速了解管理政策及可行方法，使後續底泥管理措施能夠落實。環保局因應底泥品質管理作業之進行，除持續辦理研習會議，分享最新法規及作業方式之外，亦因應備查作業辦法之施行，針對相關目的事業主管機關進行監督輔導，使整體底泥定期調查及申報作業能夠落實。